Le Lycée Franco-hellénique est constitué de trois sections pédagogiques :

• une section maternelle et élémentaire française,
• une section secondaire hellénique,
• une section secondaire française.

L'ensemble est placé sous l'autorité et la responsabilité d’un Proviseur assisté :

• d’un Proviseur - Adjoint,
• d’un Directeur Administratif et Financier,
• des directeurs des « gymnase et lycée » de la section hellénique,
• d’un directeur du primaire français
• d’un Conseiller Principal d’Education.