Το Λύκειο της Ελληνογαλλικής Σχολής Ευγένιος Ντελακρουά ακολουθεί το πρόγραμμα του ελληνικού υπουργείου Παιδείας με παρεκκλίσεις που εξυπηρετούν τον χαρακτήρα και τη στόχευση ενός σχολείου με διττό προσανατολισμό, την προετοιμασία για την εισαγωγή στην τριτοβάθμια εκπαίδευση μέσω των πανελληνίων εξετάσεων και την προετοιμασία για εγγραφή στην ηλεκτρονική πλατφόρμα APB για τα Γαλλικά Πανεπιστήμια. Ορισμένες καινοτομίες εξυπηρετούν τον γεγονός ότι το σχολείο μας είναι το μοναδικό ελληνικό εκπαιδευτήριο με διδασκαλία της γαλλικής γλώσσας πιστοποιημένης από το γαλλικό κράτος.

Οι καινοτομίες του προγράμματος συμπτύσσονται στα ακόλουθα:                                

1. η διδασκαλία των μαθημάτων επιλογής και των ερευνητικών εργασιών εν μέρει ή εξ ολοκλήρου στα γαλλικά και στα αγγλικά
2. η διδασκαλία του μαθήματος των Θρησκευτικών σε Α΄ και Β΄ Λυκείου 1,5 ώρες εβδομαδιαίως αντί 2 ωρών
3. ο χαρακτηρισμός του μαθήματος των Θρησκευτικών ως μαθήματος επιλογής στην Γ’ Λυκείου
4. η διδασκαλία της Αγγλικής γλώσσας στην Α’ Λυκείου
5. ενισχυτικές ώρες στα μαθήματα ομάδων προσανατολισμού
6. διδασκαλία λατινικών και χημείας προσανατολισμού από την Β΄Λυκείου